Perspectives : La science ouverte : un domaine en expansion

En février 2001, un numéro spécial de la revueNatureprésentait la première ébauche du projet du génome humain doté d’un financement public. Sous l’égide de l’International Human Genome Sequencing Consortium, le projet a mené à bien une décennie d’efforts publics à l’échelle internationale pour déterminer la séquence du génome humain et rendre celle-ci disponible non pas uniquement à la communauté scientifique, mais aussi au grand public. L’envergure et l’importance de ce projet de science ouverte a poussé les scientifiques à trouver de nouvelles façons de collaborer ensemble.

Les scientifiques et les organismes de financement exigent de plus en plus un accès accru aux données, et une diffusion plus grande de ces données, lorsque des projets de recherche donnent lieu à des protocoles de données transparents qui peuvent être facilement publiés et qui sont accessibles à tous. Cet article explore certains des éléments qui ont inspiré la science ouverte, en décrit certaines applications spécifiques et présente certains des avantages liés à une telle approche.

L’esprit du mouvement du code source libre a beaucoup influencé la façon dont les projets des sciences de la vie sont désormais menés. Le code source libre est traditionnellement associé aux logiciels et fait référence au développement ouvert et collaboratif de codes qui peuvent être utilisés librement, adaptés et redistribués. Linux, un système d’exploitation du code source libre, est un exemple populaire d’un concept qui a inspiré plusieurs autres applications, dont les données ouvertes, les publications à accès public, et les normes ouvertes. Un autre exemple bien connu est Wikipedia, qui est fondé sur des principes de sources ouvertes et qui permet à chacun d’y contribuer ou de réviser le contenu de cette encyclopédie en ligne.

Bien qu’il n’y ait aucune définition arrêtée de la science ouverte, celle comprend généralement les éléments suivants : la transparence en matière d’expérimentation; les données disponibles au public; et l’utilisation d’outils qui facilitent la collaboration scientifique et la dissémination des résultats(par exemple, le projet EnsEMBL a développé un code source libre ouvert qui permet l’annotation du génome et qui diffuse librement les données génomiques sur son site Web).

Un des éléments clés de toute approche ouverte est un nouveau mécanisme de délivrance de licences qui, par exemple, permet à l’auteur de protéger son travail tout en en faisant une distribution libre. De telles licences peuvent être consenties par des projets comme l’initiative sans but lucratif Creative Commons (CC), ou encore le projet GNU. Creative Commons donne au propriétaire du contenu le choix de six types de catégories de licences – par exemple, il peut choisir d’accorder des droits d’accès aux données en vue d’une utilisation strictement non commerciale. Ce genre de licence permet le partage de données sans astreindre celles-ci aux restrictions des droits d’auteur traditionnels. Notons qu’en 2007, le projet satellite de CC, Science Commons, a été mis sur pied pour offrir des permis conçus sur mesure pour répondre aux besoins de la recherche scientifique.

Sur le plan de l’accès aux données, on compte nombre d’exemples d’importants projets de sciences de la vie qui font la promotion de l’accès libre et gratuit aux données, dont le projet HapMap. Cette collaboration internationale entre des chercheurs universitaires et du secteur privé a pour objectif d’établir les variations génomiques de la population humaine. L’intention est de rendre les données accessibles gratuitement à la communauté scientifique afin d’en promouvoir l’intégration avec d’autres données génomiques, le tout pour contribuer à la recherche médicale sur les fondements génétiques de maladies héréditaires. Le Système mondial d’information sur la biodiversité (SMIB) fait la promotion du partage de données sur la biodiversité comme mesure d’atténuation de la crise en biodiversité. À titre d’exemple, les données du SMIB permettent aux scientifiques d’observer les changements des rayons d’espèces envahissantes, ce qui peut avoir d’importantes répercussions économiques et sociales. Ce type de projet permet aussi aux scientifiques de partout au monde de mettre en commun et d’intégrer des données sur une plateforme commune.

Le concept de science ouverte a naturellement été appliqué à maintes reprises, au-delà du seul partage de données. Le développement de logiciels à code source libre dans les domaines scientifiques, comme en bio-informatique, en est un exemple évident. La disponibilité de différentes applications de logiciels scientifiques à code source libre (voir Wikipedia pour en consulter une liste) a beaucoup minimisé le dédoublement et augmenté la cadence des découvertes scientifiques. D’autres applications novatrices ont aussi été élaborées. Par exemple, l’organisme sans but lucratif Cambia tente de développer d’autres types de permis dans le domaine des technologies agricoles. Le projet Open Source Drug Discovery a également recours au modèle de code source libre, dans ce cas en vue du développement de médicaments qui permettraient de traiter des maladies négligées. Enfin, dans le domaine de la publication scientifique, des revues comme Public Library of Science (PLoS) et Biomed Central ont une politique d’accès ouvert pour promouvoir l’accès gratuit à la recherche et aux constatations scientifiques.

Il est clair que l’approche que propose la science ouverte présente de nombreux avantages. Sur le plan plus fondamental, elle promeut la transparence et l’intégrité en recherche, comme la tentation de commettre une fraude est réduite lorsque son propre travail est accessible à la communauté scientifique élargie. Les expériences scientifiques sont également plus faciles à reproduire lorsque les articles, données et codes sources sont accessibles à tous. Par conséquent, la science ouverte facilite la collaboration, et encourage le développement de normes communes qui rendent plus facile l’intégration de données à d’autres projets. Elle donne accès à ces informations à un plus grand public (et non pas uniquement à ceux qui peuvent payer pour obtenir cet accès). Il y a des détracteurs de la science ouverte, notamment en ce qui a trait à son application au sein du secteur privé; toutefois, ces discussions outrepassent la portée de cet article.

Emmanuel Mongin est Associé de recherche au Conseil des académies canadiennes. Emmanuel détient un doctorat en génétique humaine de l’Université McGill ainsi qu’une maîtrise en sciences biomoléculaires de l’Université d’York, au Royaume-Uni0.

Ouvrages cités

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